Nakkilan kunnan ylintä päätösvaltaa käyttää valtuusto, jossa on 29 valtuutettua. Valtuutetut ja heidän varajäsenensä valitaan joka neljäs vuosi toimitettavissa kuntavaaleissa.
Kunnan hallitus vastaa kunnan hallinnosta ja taloudenpidosta sekä valtuuston päätösten valmistelusta, täytäntöönpanosta ja laillisuuden valvonnasta.
Yleis- ja taloushallinnon toimiala valmistelee valtuuston ja kunnanhallituksen käsiteltävät asiat, täytäntöönpanee päätökset sekä vastaa myös taloushallinnosta. Lisäksi yleis- ja talousahallinnon tehtäviä ovat: arkistotoimi, kunnallisten ja valtiollisten vaalien hoitaminen, kirjanpito, maksuliikenne, palkanlaskenta, talousarvion ja suunnitelman valmistelu, tilinpäätöksen valmistelu, tiedotustoiminta, maankäytön suunnittelu sekä markkinointi.
Hallintosääntö
Hallintosäännöllä annetaan tarpeelliset määräykset hallinnon ja toiminnan järjestämisestä, päätöksenteko- ja hallintomenettelystä sekä valtuuston toiminnasta. Hallintosäännöllä valtuusto siirtää päätösvaltaansa kaupungin muille toimielimille, luottamushenkilöille ja viranhaltijoille. Samalla valtuusto voi antaa viranomaiselle oikeuden siirtää toimivaltaa edelleen.