Nakkilan kunnan ylintä päätösvaltaa käyttää valtuusto, jossa on 29 valtuutettua. Valtuutetut ja heidän varajäsenensä valitaan joka neljäs vuosi toimitettavissa kuntavaaleissa. Valtuusto vastaa kunnan toiminnasta ja taloudesta, käyttää kunnan päätösvaltaa ja siirtää toimivaltaansa hallintosäännön määräyksillä.
Kunnanhallitus vastaa kunnan hallinnosta ja taloudenhoidosta sekä toimeenpanee valtuuston päätökset. Kunnanhallituksessa on 7 valtuuston valitsemaa jäsentä.
Valiokunnat vastaavat palvelujen järjestämisestä, tuottamisesta ja kehittämisestä. Valiokuntia ovat perusturvavaliokunta, sivistysvaliokunta ja tekninen valiokunta.